โรงเรียนเทศบาลวัดปากน้ำ ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 เมษายน พ.ศ. 2478 บนพื้นที่ 3 ไร่ 3 งาน 80 ตารางวา เดิมสังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ และโอนมาสังกัดกองการศึกษา เทศบาลเมืองระยอง เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2506 เดิมชื่อว่าโรงเรียนเทศบาล 1 บ้านปากน้ำ “กำพุชราษฎร์ผดุง” ตั้งอยู่ถนนอารีราษฎร์ ตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองระยอง จังหวัดระยอง

        ปี พ.ศ. 2510 ได้ย้ายมาก่อสร้างอาคารเรียน ซึ่งเป็นที่ดินของวัดปากน้ำสมุทรคงคาราม ณถนนสมุทรคงคา ตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองระยอง จังหวัดระยอง บนเนื้อที่ 14 ไร่ 3 งาน 83 ตารางวา และเปิดทำการสอน เมื่อวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2511

        ปี พ.ศ. 2539 คณะกรรมการโรงเรียนเห็นพ้องว่า โรงเรียนซึ่งตั้งอยู่ในที่ดินของวัด ควรจะเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนเทศบาลวัดปากน้ำ เพื่อเป็นอนุสรณ์และรำลึกถึงพระคุณของวัดปากน้ำ ทางเทศบาลนครระยองจึงให้ใช้ชื่อว่า โรงเรียนเทศบาลวัดปากน้ำ จนถึงปัจจุบัน